Um dos programas do país para a saúde visa produzir insumos para a expansão das atividades da indústria brasileira, geração de maior competitividade e maior participação no comércio internacional, aceleração do crescimento econômico e a criação de novos postos de trabalho. Desta forma, são desenvolvidos fármacos e medicamentos, produtos médicos e biomateriais; kits diagnósticos, inovações farmacêuticas e vacinas. Outras inovações consistem em células tronco e terapia celular, fotônica aplicada à biologia celular, medicina assistida por computação científica, medicina molecular e neurociência translacional, entre outras.
Também são realizados trabalhos regionais, como estudos sobre a biomedicina do semiárido brasileiro e sobre saúde e ambiente na região amazônica. Com relação às doenças, uma série de pesquisas objetiva conhecer a fundo cada patologia e estudar maneiras de preveni-la. Entre as linhas desenvolvidas estão doenças tropicais, febres hemorrágicas e virais, dengue, tuberculose, obesidade e diabetes, controle de câncer, doenças genéticas e doenças do papiloma vírus. Há ainda pesquisas em psiquiatria do desenvolvimento para crianças e adolescentes, além de estudos em saúde pública, como para diagnósticos mais eficientes, saúde da mulher e políticas de álcool e drogas.